藉由審神者之力而得以顯現的付喪神•刀劍男士們，在審神者的命令下，前往過去的時代，為打倒企圖改變歷史的時間溯行軍而努力。



　　新人隊員堀川國廣，與過去同為土方歲三佩刀的和泉守兼定在接到審神者的指令：「文久三年，時間溯行軍將襲擊某處的城下町。」後，出陣前往幕末時代，並試圖從敵軍令人費解的行動中，找出對方真正的意圖…！